Ich habe das gleiche Problem. Nach der Lastschrift per Onlinebanking sind die Buchungen einmal im Verechnungskonto mit Status "wartend auf Kontenumsatz" und einmal als Einnahme auf meinem Konto. Die Rechnungen sind als Bezahlt markiert und der Kontoauszug stimmt. Im Jahresbericht "Auswertungen/Allgemeine Entwicklung/Jahresbericht" hab ich einmal die Beiträge vom Verrechnungskonto als "Mitgliedszahlungen" und einmal die Einnahmen wie ichs bei mir gebucht habe. Die Einträge im verrechnungskonto kann ich weder Löschen, noch auf "nicht etriebsrelevant" umstellen, Fehlermeldung weil die jeweilige buchung von einer Lastschrift kommt.
Ich hoffe es gibt hierzu eine Lösung.
Viele Grüsse
Antwort vom Kundencenter wie es gelöst werden kann:
"Der geschilderte Sachverhalt resultiert daraus, dass zuvor einmal die Zuordnungen der Kategorien nicht korrekt erfolgt sind. Damit in Zukunft die Zuordnungen richtig laufen ist es erforderlich die Zuordnungen auf dem Bankkonto alle zu löschen und anschließend neu zuzuordnen. Erstellen Sie bitte zuvor über "Datei > Daten sichern" eine Datensicherung und wechseln auf "Finanzen > Zahlung/Bank/Kasse". Hier rufen Sie das Bankkonto auf und klicken auf die erste Zahlung doppelt drauf. Löschen Sie nun die unten die Zuordnung und bestätigen mit "OK". Diesen Vorgang führen Sie mit allen Buchungen durch. Anschließend rufen Sie die Zahlungen erneut auf und hinterlegen die Zuordnung neu. Nun werden bei den nächsten Abbuchungen automatisch Zuordnungen vorgeschlagen und stehen auch nicht mehr auf dem Verrechnungskonto und auf der Bank."
Also, alle Abbuchungen auf dem Bankkonto markieren, rechte Maustatste, Zuordnen -> keine Zuordnung. Danach dann nochmal Doppelklick auf jede Buchung. Es wird nun als Zuordnungsvorschlag "Lastschrift von..." angezeigt. Diesen NICHT entfernen, einfach auf ok. Danach passt wieder alles, die Zahlungen sind aus dem Verrechnungskonto draussen, und die Buchung wird mit der Beitragsrechnung verknüpft. 
