Nobby, ich habe die Frage nicht so recht verstanden.
Ich kenne mich nur mit folgender Vorgehensweise aus:
jmd. bestellt bei Amazon und der Verkäufer (ich) versendet selbständig die Ware (also keine Fulfillment bei Amazon / Versand durch Amazon).
Rechnung erstelle ich in meinem System über den bei Amazon angegebenen Verkaufspreis plus Versandkosten.
Von Amazon erhält man eine Rechnung über die Verkaufsgebühren (0 % USt.)
Das verbuchst du dann nach meiner Anleitung.
fertig.