Steht die AfA möglicherweise schon in den Werbungskosten? Das ist dann, wenn du die Zuordnung beim Arbeitszimmer auch eingegeben hast (kommt ziemlich am Schluss der Eingaben).
Eine andere Möglichkeit könnte sein, dass du schon über die Grenze der ansetzbaren Kosten bist (1.250 Euro), dann wirken sich weitere Kosten nicht mehr auf die zu zahlende Steuer aus.
ich erfasse seit jetzt zwei Jahren meine Aufwendungen für mein Arbeitszimmer unter Werbungskosten, jetzt habe ich aber gehört man kann auch noch die Afa als Werbungskosten mit ansetzen.
Was meinst Du eigentlich damit? Wenn Du die Aufwendungen für das Arbeitszimmer schon als Werbungskosten abgesetzt hast, was soll denn da noch zusätzlich kommen? 
was soll denn da noch zusätzlich kommen?
vllt meint erGebäude -AfA
was soll denn da noch zusätzlich kommen?
vllt meint erGebäude -AfA
Was denn sonst? 
Warum berechnet das Programm das nicht automatisch wenn ich ein selbstgenutztes Objekt erfasse und mein Arbeitszimmer richtig erfasse. Das Programm zeigt mir die Afa richtig an, aber es hat keine Wirkung.
Wo berechnet Dir das Programm die AfA für das AZ? Ein bereinigter Screen wäre hilfreich, um zu sehen, was Du meinst.
Muss dem errechneten Betrag jetzt unter Werbungskosten manuell eintragen?
Im Bereich Verwaltung trägst Du doch alle Kosten des Arbeitszimmers, auch evtl. AfA des Gebäudeanteils, ein, allerdings alles manuell. Durch die prozentualen Zuordnungen dort und in den Einkunftsarten wird das dann alles gemäß deines Eintrags verteilt.
