Ja was denn nun für eine Prüfung? Du bringst alle Begriffe und Steuerarten offensichtlich erheblich durcheinander. Eine Sonderprüfung gibt es nur für die Umsatzsteuer. Und die kann im Fall der Gewinnermittlung nach § 4 Absatz 3 EStG, auch im Jahr der Zahlung/Erstattung des Ergebnisses die Höhe der im Rahmen der Einkommensteuer zu versteuernden Einkünfte beeinflussen.
Die Ergebnisse der Betriebsprüfung können hinsichtlich der Zahllasten auch Einfluss bei der EÜR haben. Aber nur und ausschließlich die aus der Umsatzsteuer resultierenden Beträge. Die Einkommensteuerschuld bzw. die daraus resultierenden Zahllasten sind Dein Privatvergnügen und haben in der EÜR nichts zu suchen.
Wie du schon richtig schreibst, gibt es die Sonderprüfung nur bei der Umsatzsteuer. Von was anderem habe ich nie geschrieben. Betriebsprüfung, Einkommensschuld in EÜR etc hast du einfach alles reininterpretiert. Darum geht es nicht, habe ich auch nicht gemacht und nicht geschrieben.
Na und, ein Antrag und alles wäre aus der Welt. In der Zeit der Diskussion hier, hättest Du alles Erforderliche dreimal in die Wege leiten können.
Wie bereits geschrieben werde ich mich morgen darum bemühen. Die Bearbeitung am Wochenende wäre wohl eher schleppend gewesen.
Davon abgesehen tut ein wenig Diskussion einem Diskussionsforum gut. Vielleicht kommen mal andere Mitglieder, die ein ähnliches Problem haben und freuen sich über diese Beiträge.
Abgesehen davon wundert mich bei Deinen Lücken im Steuer- und Verfahrensrecht nicht, dass es bei Dir im Rahmen jedweder Prüfung zu einem steuerlichen Mehrergebnis kommt. Du kannst nach so einer Prüfung übrigens davon ausgehen, dass Du noch öfter Besuch seitens der Finanzverwaltung bekommst.
Die Nachzahlung beruht auf einen ziemlich dummen Fehler in einem schwierigen Sonderfall. Selbst die Kollegin von der Umsatzsteuer-Sonderprüfung hat diesen nicht gefunden. Daher kam der Bescheid auch so spät. Erst spätere Sachbearbeiter sind stutzig geworden und haben dann wohl über das Steuer- und Verfahrensrecht debattieren müssen. 
Was ich sagen möchte. Wer hat bitteschön keine Lücken im deutschen Steuer- und Verfahrensrecht (dich natürlich ausgenommen)?? Selbst die vermeidlichen Profis haben den Fehler erst über mehrere Stationen nach Monaten gefunden. Wie soll bitte der normale Bürger da noch durchschauen und das jemals überblicken? Klar abgeben und machen lassen... trotzdem schade, wenn man es selber überhaupt nicht mehr nachverfolgen und nachvollziehen kann.
Diese Kritik muss auch erlaubt sein.