Gar nicht. Warum aber auch? Was soll dem denn für ein Sachverhalt zu Grunde liegen. Man darf Dir doch Aufwandsentschädigungen nur dann steuerfrei auszahlen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind und dem Arbeitgeber die entsprechenden Nachweise vorliegen. Sind die gesetzlichen Voraussetzungen nicht erfüllt, dann sind die Zahlungen insoweit als steuerpflichtiger Arbeitslohn zu behandeln.
Und wie bekomme ich jetzt mein negativer Betrag in das Programm
Habe ich doch gesagt, m.E. gar nicht.
Das ganze kommt daher, dass es bisher so war, dass wenn man öfters als x mal ein Dienststelle angefahren wurde dies bisher als "regelmäßige Arbeitsstätte" eingestuft wurde. Dies wurde letztes Jahr gekippt.
ich habe bei mir auf der elektronischen Lohnsteuerbescheinigung für 2011 einen negativen Betrag unter Punkt 20 "steuerfreie verpflegungszuschüsse bei auswärtstätigkeit"
Und das verstehe ich dann jetzt erst recht nicht.
Ein negativer Eintrag zu Zeile 20 bedeutet in meinen Augen, dass bisher steuerfreie Erstattungen geleistet worden sind, die nunmehr rückwirkend korrigiert worden sind. Und das wohl auch für frühere Lohnabrechnungszeiträume, weil sich ansonsten ja nicht höhere Rückzahlungen als erhaltene Leistungen ergeben könnten. Habe ich in meiner Laufbahn allerdings auch noch nie erlebt, da solches dann in der Regel über eine Nachversteuerung läuft. Und ein solcher Sachverhalt liegt nach Deinen o.g. Einlassungen ja nun mal auch nicht vor.
Das von Dir geschilderte passt aber nicht zu einem negativen Betrag in Zeile 20. Du wirst ja günstiger als vor gestellt und nicht schlechter. Und günstiger als steuerfrei geht es nicht. 
Ich habe von meinem Arbeitgeber die benachteilung ausbezahlt bekommen mit der Begründung dass andere welche öfters wechseln müssen diese beim Finanzamt geltend machen können.
Dann hätte er diesen "Ausgleich" aber als steuerpflichtigen Arbeitslohn versteuern müssen, weil zum Zeitpunkt der Auszahlung die gesetzlichen Voraussetzungen für eine steuerfreie Auszahlung nicht vorlagen.
Nachdem das jetzt gekippt wurde wurde auch das Geld wieder eingezogen.
Dann hätte er den steuerpflichtigen Arbeitslohn mindern/korrigieren müssen und den entsprechenden Betrag dann in Zeile 20 als steuerfreie Zahlung ausweisen müssen.
Aber was solls, ich muss mir jetzt ein Programm suchen mit dem ich den negativen Betrag eingeben kann.
Da wirst Du keines finden.
Die Vorgabe hierzu hat mir meine FIrma geliefert die haben auch vielmehr Leute die sich damit beschäftigen, ich glaube schon dass sie wissen was sie tun
Genau. Und Fehler machen die natürlich auch niemals. Deshalb muss ja auch beim Finanzamt niemand die erklärten Besteuerungsgrundlagen prüfen und deshalb sind ja auch Steuerprüfer abgeschafft worden. 
Ausstellung von elektronischen Lohnsteuerbescheinigungen 2011
