E/Ü Brutto oder Netto??

Ich bin als Gewerbetreibender umsatzsteuerpflichtig. Im WISO-Sparbuch bei den Hilfe-Themen finde ich sowohl bei den Betriebseinnahmen als auch -ausgaben, dass ich in diesem Fall die BE/BA Netto anzugeben habe.
Obwohl dies (steuergünstig) zu einem wesentlich geringeren Gewinn führen würde, finde ich das unlogisch.
1. unterstützt das Programm diese Option denkbar schlecht. Selbst wenn ich die Umsatzsteuerpflicht mit X ankreuze, weist es zwar die Nettobeträge aus, rechnet aber fleißig mit den Bruttobeträgen.
2. Wieso sollte in diesem Fall das Finanzamt eine Umsatzsteuerzahlung aus Ust-Erklärung im Folgejahr als Betriebsausgabe akzeptieren, wenn ich diese bei der Gewinnermittlung gar nicht berücksichtige?
Wie verhalte ich mich richtig? Wende ich die (für mich steuergünstige) Netto-Variante an, ohne die abgeführte Umsatzsteuer als Betriebsausgabe zu verbuchen? Oder verstehe ich bei WISO etwas falsch und ich arbeite "ganz normal" mit den Brutto-Zahlen (ohne mich strafbar zu machen)?