Hallo,
bei einer Zusammenveranlagung (Ehegatten) gibt es nur eine Anlage KAP.
Vielleicht einen Bedienungsfehler gemacht? Das Programm fragt doch in den einzelnen Masken nach, welcher der Gatten welche Zinsen erzielt hat; man kann das also variabel gestalten. Auch besteht die Option, dass bei gemeinsamen Sparkonten beide Eheleute je zur Hälfte Eigentümer der erzielten Zinsen sind. Wird das alles ordnungsgemäß ins Programm übertragen, so erscheint auch die Zuordnung im Formular bzw. in der Anlage dazu richtig.
Also nochmals im Programm nachschauen.
bei einer Zusammenveranlagung (Ehegatten) gibt es nur eine Anlage KAP.
Sicher? Mein Sparbuch 2010 erstellt für meinen Test-Fall Zusammenveranlagung ESt-2009 auch getrennte Anlagen KAP für Ehemann und Ehhefrau.
Bis zum Veranlagungsjahr 2008 (WISO Sparbuch 2009) gab es eine Anlage KAP für beide Ehegatten.
Ab dem Veranlagungsjahr 2009 (WISO Sparbuch 2010) mit der Einführung der Abgeltungssteuer hat jeder Ehegatte seine eigene Anlage KAP.
Wer sagt denn, das mit der Abgeltungssteuer alles einfacher wird. 
Ohne das ich Deinen Sachverhalt jetzt nachvollziehen konnte könnte es meiner Ansicht nach durchaus sein, dass das Programm alles richtig macht.
Das Programm macht bei den Kapitaleinkünften ab 2009 eine Günstigerprüfung. Es wird geprüft, ob die Besteuerung der Kapitaleinnahmen durch die Abgeltungssteuer oder die Besteuerung mit dem individuellen Steuersatz günstiger ist. Ist die Abgeltungssteuer günstiger, dann brauch grundsätzlich auch keine Anlage KAP erzeugt werden. Ist die Besteuerung mit Deinem individuellen Steuersatz günstiger, dann werden die Einkünfte in der Anlage KAP ausgegeben, die "normale" Einkommensteuer inklusive dieser Einkünfte berechnet und die Abgeltungssteuer wieder "gutgeschrieben".
Daneben kann es jedoch auch sein, dass die Anlage KAP aus anderen Gründen abgegeben werden muss (hier bei deiner Frau ggf. der Fall), z.B. weil bei der Berechnung der Abgeltungssteuer von der Bank keine Kirchensteuer berechnet wurde, obwohl die Person kirchensteuerpflichtig ist.
Also, obwohl es sich merkwürdig anhört, könnte das Verhalten korrekt sein. Hier müsste man genauer die Eingaben zur Anlage KAP prüfen.
Du musst bei jedem Ehegatten die diesem zuzurechnenden Kapitalerträge erklären. Du kannst nicht irgendwetwas hin und her verteilen. Wozu gibt es Steuerbescheinigungen und Erträgnisaufstellungen.
Durch die Abgeltungssteuer gibt es natürlich Änderungen bei der KAP gegenüber dem Vorjahr.
