Ach so ja, das kenne ich auch aus meiner beruflichen Praxis, mit meiner eigenen EÜR hatte ich das Problem noch nicht.
Der Weg für den typischen Buchhalter, der es ganz genau machen möchte:
Für solche Fälle (für alle Anderen: Nettopostionen mit Bruttoberechnung erst in der Summe) macht es Sinn, sich eine kleine Excel-Vorlage zu basteln, in der Bruttobeträge auf 2 Stellen nach dem Komma gerundet werden. Dann sieht man das Ergebnis in der Summe gleich, bevor man etwas eingibt. Erhöhe/senke einen Bruttobetrag um den Cent so, dass es passt. Kannst ja in der Vorlage noch eine Spalte ohne Rundung erstellen, wo Du siehst, in welcher Position der Preis in der 3. Stelle nach dem Komma dem gewünschten Preis am nächsten kommt. 
Oder der einfache Weg:
Der einfachste Weg ist natürlich einfach die letzte Position mit dem Betrag zu nehmen, wie WISO Mein Büro ihn schon ausrechnet. Dann wird eben immer die letzte Position um den Cent angepasst.
